Stapelburg liegt unmittelbar an der Grenze zu Niedersachsen am Ausgang des Eckertales an der Bundesstraße 6 rund vier Kilometer nördlich von Ilsenburg. Er hat sich aufgrund seiner Lage zu einem Wohnstandort entwickelt, da die Bahnverbindung nach Bad Harzburg und Wernigerode im Zuge der Neugestaltung der Verkehrswege anlässlich der Wiedervereinigung wieder hergestellt bzw. hierfür eine neue Trasse geschaffen wurde. Darüber hinaus besteht durch die neugeschaffene Bundesstraße 6n ein Anbindung an das Autobahnnetz (A 395).